Keragaman Hayati yang terdapat dalam kawasan Geopark dikategorikan berdasarkan lokasi penyebaran yang kemudian disebut dengan situs biologi atau biological site (biosite).
Situs biologi yang terdapat di kawasan Geopark antara lain:
a. Hutan Alam Pager Jawa Kalibening;
b. Hutan Mangrove Ayah;
c. Lebah Madu Klanceng Kalipoh Ayah;
d. Konservasi Tukik, Jogosimo;
e. Agrotourism Belimbing Madu, Waluyorejo;
f. Sapi Peranakan Ongole, Karangrejo Petanahan; dan
g. Kelapa Genjah Entog, Bojongsari
Jenis Keanekaragaman Hayati flora yang terdapat dalam kawasan Geopark antara lain:
a. Aren (Arenga pinnata);
b. Bayur (Pterospermum javanicum);
c. Bedali (Radermachera gigantean);
d. Butun darat (Barringtonia racemosa);
e. Cempaga (Dysoxylum densiflorum);
f. Cempaka putih/kantil (Michelia alba);
g. Cendana (Santalum album);
h. Gembulung (Metroxylon sagu);
i. Gempol (Nauclea orientalis);
j. Katilayu (Erioglossum rubiginosum);
k. Kayu putih (Melaleuca leucadendron);
l. Kedoya (Dysoxylum gaudichaudianum);
m. Kweni (Mangifera odorata);
n. Mangga podang (Mangifera indica);
o. Mangir (Ganophyllum falcatum);
p. Mundu (Garcinia dulcis);
q. Nam-nam (Cinometra cauliflora);
r. Pinang (Areca catechu);
s. Ploso (Butea monosperma);
t. Pohon tuwa (Terminalia sp);
u. Pucung (Pangium edule);
v. Pulai (Alstonia scholaris);
w. Putat (Planchonia valida);
x. Serut (Streblus asper);
y. Sonokeling (Dalbergia latifolia);
z. Trembalo (Cassia javanica); dan
aa. Walisongo (Schefflera grandiflora).
bb. Kebun Kelapa dan Gula Semut Buayan;
cc. Burung Lawet Karangbolong;
dd. Kebun Pandan dan Anyaman Pandan Grenggeng Karanganyar;
ee. Kebun Kopi Kaliputih Sempor; dan
ff. Jenitri Pujotirto Karangsambung.
Jenis Keanekaragaman Hayati fauna yang terdapat dalam kawasan Geopark antara lain:
a. Alap-alap (Falco moluccensis);
b. Bubut besar (Centropus sinensis);
c. Cekakak jawa (Halcyon chloris);
d. Elang bido (Spilornis cheela);
e. Elang garis dagu (Accipiter virgatus);
f. Elang hitam (Ictinaetus malayensis);
g. Elang jawa (Nisaetus bartelsi);
h. Elang laut (Haliaeetus leucogaster);
i. Emprit gantil (Arachnothera longirostra);
j. Kedasih (Cacomantis merulinus);
k. Kijang (Muntiacus muntjak);
l. Kucing hutan (Felis bengalensis);
m. Kukang jawa (Nycticebus javanicus);
n. Kuntul kerbau (Bubulcus ibis);
o. Kupu-kupu (Troides helena);
p. Landak (Hystrix javanica);
q. Macan kumbang (Panthera pardus);
r. Madu kelapa (Anthreptes malacensis);
s. Prit gantil gunung (Nectarinia sperata);
t. Trenggiling (Manis javanica);
u. Ular taliwangsa (Cacomantis merulinus);
v. Buaya muara (Crocodylus porosus);
w. Kepiting (Scylla serrata);
x. Labi-labi (Carettochelys insculpta);
y. Lobster bambu (Panulirus polyphafus);
z. Lobster batu (Panulirus penicillatus);
aa. Lobster hijau (Panulirus homarus);
bb. Lobster merah (Panulirus longipes);
cc. Lobster mutiara (Panulirus ornatus);
dd. Rajungan (Portunus pelagicus);
ee. Sidat (Anguilla sp)
ff. Terumbu karang (Pavona spp);
gg. Terumbu karang (Favia spp);
hh. Terumbu karang (Favites spp); dan
ii. Terumbu karang (Goniastrea spp).